В соответствии с Уставом Профсоюз работников водного транспорта РФ строится по территориально-производственному принципу.
В организационную структуру входят первичные профсоюзные организации, образованные по производственному принципу и территориальные (бассейновые) организации, образованные по территориальному (бассейновому) принципу.
В структуре Профсоюза насчитывается 309 первичных профсоюзных организаций, две межрегиональные бассейновые организации ПРВТ и 19 территориальные (бассейновые0 организации ПРВТ
Общая численность членов ПРВТ составляет 65 131 чел.
Из них :
на морском транспорте – 22 720 чел.;
на речном транспорте — 42 411 чел.
Количество работающих членов ПРВТ составляет 46 140 чел.
Из них:
на морском транспорте — 17 950 чел.;
на речном транспорте — 28 190 чел.
Общее количество учащихся членов ПРВТ составляет 13 842 чел.
от общего количества членов ПРВТ молодежь в возрасте до 35 лет составляет 23 504 чел.
Высокий уровень профсоюзного членства имеют Волго-Донская (98%) и Южная (81%) бассейновые организации ПРВТ.
Первичные профсоюзные организации ПРВТ действуют в 54 субъектах Российской Федерации, в том числе в трех городах федерального значения – Москве, Санкт-Петербурге и Севастополе.